人们对“研究性学习（课程）”的认识存在许多误区，直接影响了“研究性学习（课程）”的实施。 其一，“惟学生学习方式转变”的误区。“转变学习方式”不是“研究性学习（课程）”的惟一价值追求。除次之外，它还有一个重要的目的是发展学生的健康人格。其二，“惟科学研究倾向”的误区。有些人认为研究性学习就是科学研究。背离了这一课程设置本来的价值取向。更重要的是，在中小学开展研究性学习，有利于培养学生的问题意识、独立思考能力、实事求是的科学态度以及健全的人格。其三，“惟学生主体倾向”的误区。研究性学习重视学生的主体性，不能否定教师的作用。只不过是教师的角色发生转变，教师由知识的传授者变为学生学习的指导者、组织者与参与者。其四，“惟学科化倾向”的误区。设置“研究性学习（课程）”的目的，不是另外增加一门课程，而是要构建一种全新的课程模式。其五，“惟资源优势倾向”的误区。研究性学习重过程、重应用、重体验，各种不同条件的学校包括条件比较差的学校，都具有可供开发和利用的教育资源，学生都能从本地实际出发，寻找到他们感兴趣和有价值的问题，实施研究性学习。
