我国现代企业制度改革经过积极试点，已取得了一些成效，但在实际实施过程中，也遇到了一些难题。这些难题不研究解决，将会直接影响现代企业制度改革的成败与效果。 一、目前国有资产流失问题严重，这一方面发生在产权界定活动中，另一方面，还存在一个未引起广泛重视的流失途径，即在国有资产的经营与管理过程中，还有可能出现更大的流失问题。 产权的界定是现代企业制度建立的基础，然而，在产权的界定过程中，国有资产流失的问题十分严重。引起产权界定中国有资产流失的原因是多方面的，其中主要包括：（1）产权界定所遵循的原则和法规不完善。现有产权划分所遵循的法规文件，许多条款只确定了实施的原则，没有根据实际实施中存在的问题制定出界限明确的规定。如国有企业创办后勤服务等集体性质的单位形成的资产；国有企业对集体企业的兼并、联营、合资、参股等形式所获得的资产等，这些资产的产权界定无明确规定。（2）在资产评估中的法规不健全，受人为因素的影响太大。如在保护本地和本单位利益思想的驱使下，人为地低估国有资产的份额，而由于法规不健全，对评估结果的可靠性没有恰当的法规约束。（3）资产评估的理论和方法体系不够完善，特别是对无形资产的认识不足，评估无科学的依据，造成国有无形资产的流失十分严重。 造成资产经营与管理过程中资产流失的主要原因包括：（1）国有资产经营与管理的法规不健全。各资产管理部门在资产经营管理中无法可依，无规可循，缺乏相应的约束机制，在未来改革范围扩大时，可能出现混乱的局面，并造成国有资产的严重流失。（2）国有股权上市流动过程中也可能造成严重流失。因为国有资产的经营单位并非真正的出资者，在目前激励机制和约束机制还未形成的情况下，难以保证国有股权上市流动时的利益最大化和损失最小化，造成国有资产流失。（3）目前国家对股份制企业进行监督和管理的经验不足，相关法规不完善，难以防止虚报现象。从某种意义上讲，如果对国有资产的经营管理行为不规范化，其所造成的资产流失的规模会更大，更加难以防范。 二、国有企业改革的主要目的是要解决政企分开问题，然而，企业法人、国有股权代表间如何配合，以确保国有资产出资者的权益不受损害，同时又能真正避免对企业进行行政干预，这将是一个难以回避的现实问题。 在国有企业的产权界定以后，大部分企业中国有资产占有的比重将远远大于其他经济成份所占的比重，国家将成为股份制企业中股权份额最大的股东，或国有独资企业的终极所有者。作为国有资产产权代表的各种国有资产经营与管理公司，他们是国家不同主管部门和不同地区的主管部门财产所有者的代表，目前实际上分属于各不同级别的行政管理部门，这些资产经营公司或出于国有资产增值的驱动，或出于一己私利的驱动，将会利用手中的对企业有极大影响力的表决权干预企业的重要经营管理决策，最终有可能出现实质上“政企难分”的局面。 三、国有资产委托经营是国有企业改革的重要内容，然而，托管公司如何建立和选择，如何避免国有资产托管公司因过于分散出现混乱和因过于集中出现管理不力与政企不分并存等问题，是现代企业制度改革推广前必须解决的难题。 目前，理论界较普遍认为，可将国家股分别委托银行、信托投资机构、专业国有资产经营公司等代为经营与管理，这种思想的目的是为了避免个别代理机构因所持股份过大而干扰企业的经营管理，出现政企难分的局面。然而，这种相对分散的管理格局的弊端在于不利于对国有资产进行统筹管理，不利于国有资产在不同企业间的合理流动，容易出现各自为政的现象。在同一国有股份制企业中，国家和地方之间的关系，以及在不同国有股份制企业中所体现的国家、地方和部门的代理机构之间的关系错综复杂，各代理机构为了自己的利益，追求个别项目的局部利益，不利于资源的优化配置和国有资产总体效益最大化。如果国有资产管理权限过份集中于少数代理机构，又会出现政企难分，权力过于集中，管理力量不够，管不了，管不好等问题。在以后的现代企业制度改革中，如果不处理好国有资产托管中的集中与分散问题，宏观管理体制又会出现过去的局面。 四、现代企业制度改革主要是从产权划分和企业组织制度改革两个方面进行的，其所解决的问题主要是明确国家与企业的关系以及企业内部组织制度的合理化，并没有从实质上涉及到如何确保国有资产保值、增值以及利益最大化的问题。 实施现代企业制度改革后的股份制企业，按规定国家将国有资产委托专业的国有资产经营管理公司和其他机构代为管理，然而，这些机构并非实质上的出资者，他们对国有资产进行管理的依据将是有关的法规和条例，但由于现有的激励和约束机制不健全，则很难形成追求国有资产利益最大化的内在驱动力。这些托管机构根据所持股份对股份公司的决策进行表决时，往往会出现谋求一己私利而损害国家利益的行为。同时，由于监督机制的不健全，可能出现公司领导和国家股权代表人之间合谋谋取局部利益和个人利益而损害国家利益的行为。可见，在现代企业制度改革的实际实施中，缺乏确保国有资产保值、增值和利益最大化的根本措施和制度保障。解决这个问题是现代企业制度改革成败的关键。 五、企业组织机构在权、责、利的划分上仍然存在新旧体制交互作用的矛盾，这个矛盾不解决好，就很难跳出原有的模式。 按现代企业的有关要求和规定，企业要建立董事会、股东会、监事会等组织机构和权力机构。董事会、股东会、监事会及企业经理层等各尽其职、各负其责、相互制约的关系，是从建立现代企业制度的需要出发，适应社会主义市场竞争和社会化大生产的客观要求所决定的。然而，原工厂制企业内部的领导体制一直沿袭党委会、工会、职代会的组织机构和权力机构，这种组织结构和权力结构与现代企业制度之间存在较大的矛盾。在现代企业制度改革过程中，旧体制还会在与新体制的交替中发生影响。在我国政治、经济的大背景下，新旧机构都不能弱化，都将发生作用。在这种交互作用下，企业领导体制很难跳出原有的模式，现代企业组织机构的建立将遇到各种矛盾冲突。
