建立现代企业制度是一项十分浩大复杂的社会系统工程，涉及的范围广、问题多，有许多新情况、新矛盾需要人们去研究和探索。笔者认为，就方法论而言，辩证地认识、处理好以下几个关系，对建立现代企业制度至关重要。 一、制度与体制 弄清建立现代企业制度与进行市场经济体制改革的关系，认识现代企业制度在市场经济中的地位和作用，可以帮助我们从整体上明确建立现代企业制度的重大意义，增强搞好企业改革，建立现代企业制度的自觉性。 一种经济体制要求有与之相适应的企业制度；一种企业制度又依赖和反映了一定的经济体制。社会主义市场经济体制作为我国经济体制改革的目标提出后，应当进行一系列与这个新体制相适应的制度建设，其中建立现代企业制度是一项必不可少的基础工程。众所周知，十四届三中全会提出的市场经济体制的基本框架，包括两大体系，三项制度。两大体系即统一、开放的市场体系和以间接调控为主的宏观调控体系。三项制度即现代企业制度、合理的收入分配制度和多层次的社会保障制度。在这个框架中，建立现代企业制度处于基础性地位。因为，企业是市场的主体，如果主体不改革，不能成为独立经营、自负盈亏的法人实体进入市场，那么市场体系就因缺少支撑而无法建立，即使建成了市场，也会出现有场无市的局面；如果企业不能独立经营，依然政企不分，摆脱不了对政府的依赖，间接手段为主的政府宏观调控体系也很难形成；企业不打破平均主义大锅饭，以按劳分配为主体的收入分配制度及“效率优先、兼顾公平”的收入分配原则也难以贯彻；企业不摆脱沉重的社会负担，不在竞争中实现优胜劣汰，社会保障制度也就因此失去了主要对象而无从谈起。正是由于现代企业制度改革在整个经济体制改革中所起的这种特殊作用，决定了建立现代企业制度是构建社会主义市场经济体制的内在要求，是社会主义市场经济体制必不可少的微观基础。这是一方面；另一方面，要建立现代企业制度，除了企业内部需要进行制度创新外，也需要一系列外部条件配合，有赖于整个市场经济体制改革的全面推进，寓于市场经济体制发展过程中。可以这样说，没有市场体系的建立和完善，没有政企分开，没有政府职能的转变，没有社会保障制度的确定，建立现代企业制度的一切努力都是徒劳的。由此可见，制度和体制之间是互为前提，相互依赖的关系。建立现代企业制度，明确企业在市场中的主体地位，能为市场经济体制奠定微观基础，将会推动和促进市场经济体制的发育和完善；市场经济体制改革的全面推进，各个领域市场经济体制的逐步建立，又能为现代企业制度改革，企业主体地位的确立，提供良好的外部环境和条件，加速现代企业制度的形成。 根据制度和体制的上述关系，我们在今后的改革中，应把握好宏观体制建设和微观基础再造的取向，从加快建立市场经济体制总体要求出发，充分认识深化企业改革，建立现代企业制度的紧迫性，增强搞好改革的自觉性，争取早日再造市场经济体制的微观基础。同时又要看到，建立市场经济体制，是一个艰难曲折的过程，这个过程的长短，取决于事物发展多方面因素。由于受整个市场经济体制改革进程的制约，期望在较短的时间内完成企业改革，形成符合市场经济运行要求的现代企业制度是不可能的。因此在建立现代企业制度问题上，我们既要发挥主观能动性，加大改革力度，又要循序渐进，不可操之过急。 二、出资人与企业法人 按市场经济运行规律建立的现代企业制度，所有者与企业的关系，演变成了出资人与企业法人的关系，也即股东与公司的关系。这种关系与其他企业制度下的所有者与企业的关系是不同的。其区别在于，现代企业制度下的所有者对企业财产的权利进行合理分解，使出资人所有权与企业法人财产权相分离，出资人与企业法人各具有独立的财产权利及履行各自义务并承担相应责任。 作为出资人的权利，具体表现为以投入企业的资本额享有所有者的资产受益、重大决策和选择管理者等权利。出资人享有这些权利与其履行的义务是紧密联系在一起的，出资人必须依法向企业注入资本金，并履行资本保全的义务，在企业正常存续期间，出资人不能随意抽回其出资，只能依法转让。出资人一旦把资本金注入企业，即与出资人的其他财产区分开来，成为企业法人财产，出资人只以其出资额为限对企业承担有限责任。 作为企业法人的权利，具体表现为企业法人对出资人注入企业的资本金及其增值形成的财产享有独立的财产权利，拥有法人财产权，即企业依法享有对法人财产的占有、使用、限制性收益和处分权。企业法人依独立的法人财产对其经营活动负责，以其全部资产对企业债务承担责任。同时，企业法人行使法人财产权，受出资人所有权的约束和限制，必须对出资人履行义务，依法维护出资人权益，对所有者承担资产保值和增值的责任。 出资人与企业法人这种基本财产关系，也就是各自对企业财产拥有的权利、承担的责任及履行的义务，通过法律给予确认，均受法律保护和约束，任何人不得侵犯其财产权。为维护这种财产关系，通过企业法人财产制度、产权交易制度和公司法人治理结构的建立、规范，有效地实现出资人所有权与企业法人财产权的分离，较好地适应了社会化生产大规模、专业化发展和市场经济激烈竞争的客观要求。
